Khaled Masha'al, capo dell'ufficio politico di Hamas, ha dichiarato ai microfoni di al-Jazeera: "Proviamo estrema tristezza e dolore per la morte del nostro fratello Abu Ammar. Egli e' stato un grande leader nei lunghi decenni di lotta e confronto aperto con il nemico. E' stato risoluto nei negoziati di Camp David, quando ha sostenuto i diritti del popolo palestinese e si e' rifiutato di svilire la causa di Gerusalemme. Il nostro disaccordo politico non ci ha impedito di stare al suo fianco quando i sionisti e gli americani lo avevano assediato nel suo quartier generale". Masha'al ha dichiarato di ritenere Israele responsabile della morte di Arafat e lo  ha accusato di averlo avvelenato. "Avrebbe potuto avere una morte normale, dal momento che era alla metà dei 70 anni, ma i rapporti medici delle ultime due settimane indicano che e' stato avvelenato", ha detto Masha'al. "I medici palestinesi, arabi e francesi potrebbero non scoprirne le prove, proprio quando non trovarono prove allorché io stesso, sette anni fa, fui avvelenato dal Mossad. Non esito ad accusare Israele dell'assassinio di Arafat. Chiedo ai miei fratelli del movimento Fatah e dell'Autorità Palestinese di non dimenticarlo, di rafforzare l'unità palestinese e di impedire conflitti e disaccordo. Noi giuriamo di continuare la resistenza e l'Intifada fino a che l'occupazione israeliana non cesserà. Chiedo ai paesi arabi, in particolare a quelli collegati alla causa palestinese ed al conflitto arabo-israeliano di impedire gli sforzi israeliani di causare caos nel mondo arabo o di creare leadership collaborazioniste".
 

Il leader del Jihad Islami Nafez Assam ha dichiarato che la morte di Arafat e' stata "la notizia più dolorosa per noi come palestinesi, arabi, musulmani e tutti i popoli liberi nel mondo. Arafat non rappresentava solo Fatah o la Palestina, ma la voce della libertà contro l'aggressione e l'occupazione".

Il portavoce delle Brigate dei Martiri dell'Aqsa ha giurato di continuare la lotta: "Uccideremo chiunque osi negoziare questioni che Arafat aveva rifiutato di negoziare. Non ci fermeremo fino a che non avremo scacciato i sionisti dalla nostra terra".

Il portavoce della Chiesa Palestinese Ortodossa, Archimandrita Atallah Hanna, ha dato voce al cordoglio di tutto il mondo cristiano palestinese, definendo Arafat "un grande leader arabo ed il più chiaro simbolo della dignità araba".